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獲得核准投資於環保科技園區之廠商，提供特許三項獎勵補助：一、土地租金補助費、二、生產補助費、三、研究補助費。
一、土地租金補助費
 入區廠商土地租金補助費係依入區廠商實際承租或購地之土地面積，以土地租金百分之五十，從入區廠商完成承租或購地合約後，開始計算補助額度至民國一百年為止。
採承租者，入區廠商於每年十月提具補助款申請書及承租合約書，經主辦機關審查後，由主辦機關報請環保署核定補助額度分年撥付。
採購地者，檢具補助款申請書及購地合約書，經主辦機關審查後，由主辦機關報請環保署核定補助額度分二期撥付，第一期於完成購地合約，撥付百分之五十，第二期於設廠完成，撥付餘款。
而目前各園區的土地價格如下表所示：
園區 |
量產區出售價格
(原價/補助後)
(元/坪) |
量產區出租價格
(原價/補助後)
(元/坪) |
管理研究大樓及實驗廠房出租價格
(原價/補助後)
(元/坪) |
高雄 |
54,000 / 44,000 |
318 / 159 |
864 / 400 |
花蓮 |
12,217 / 10,000 |
71.4 / 18 |
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桃園 |
26,000 / 21,000 |
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台南 |
20,000 / 16,000 |
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二、生產補助費
入區廠商生產補助費係補助入區廠商以可行技術生產環境友善產品之費用，補助每廠初設資本額之十分之一為原則，並以貳仟伍佰萬元為上限；其申請及審查方式另訂之。(詳細內容請下載：環保科技園區入區廠商生產補助費申請須知
 )
| （一） |
由入區廠商開始量產（設計產能達百分之八十），並經主辦機關查證後，分五年撥付，每年最多補助五百萬元。少於五百萬元者依實際金額核撥，其申請補助期限至民國一百年十二月三十一日為止。 |
| （二） |
入區廠商得隨時於當月量產產能達到年度設計產能之月平均值百分之八十提出生產補助費申請案送主辦機關審查，由主辦機關審查通過提送環保署核定後，撥付第一年度生產補助費，生產補助費之撥付以年度計算為原則。 |
| （三） |
入區廠商自第二年度起應於該年度二月底前提出生產補助費申請書送主辦機關審查，經審查通過後由主辦機關於該年度三月底前送環保署核定後，撥付第二年度生產補助費；第三年度至第五年度之生產補助費申請時程亦同。 |
三、研究補助費
入區廠商/研究機構研究補助費依所提研究計畫內容（如：環保科技園區入區廠商╱研究機構研究補助費申請須知
），核定補助廠商／研究機構進行新產品／新技術研發之費用；其申請及審查方式另訂之。
| （一） |
入區廠商／研究機構每年九月份研提研究計畫補助案送主辦機關審查，主辦機關於十月份提送審查通過文件至環保署進行核定作業，經環保署核定後撥付第一期款，第一期款為核定經費之百分之六十，第二期款於完成研究計畫並經環保署核定結案撥付餘款。其申請期限自民國九十四年九月一日起至九十八年九月三十日止。 |
| （二） |
每案以補助申請經費百分之五十為原則。執行期間以一年為原則，必要時得延長為兩年。屬先期研發者每案補助五百萬元為上限，每年補助研發案十案為原則；屬試量產者每案補助一千萬元為上限，每年補助試量產案五案為原則。若當年有餘額，得調整補助案數。 |
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